ويمكن للوكالة بناء على الرأي المطابق للهيئة العلمية أن توافق بصفة استثنائية على إجراء الاعتماد من هياكل أجنبية بناء على طلب من المؤسسة المعنية، كما تحدد الوكالة دورية التقييم ومدة الاعتماد في مجال التعليم العالي والبحث العلمي بالتنسيق مع وزارة الإشراف.
ويشتمل التنظيم الإداري والعلمي للوكالة على المدير العام الذي يسير الوكالة لمدة 4 سنوات قابلة للتجديد مرة واحدة، ومجلس المؤسسة الذي يتولى دراسة وإبداء الرأي في المسائل المتعلقة بالوكالة وبنشاطها، والهيئة العلمية المكلفة خاصة بالمصادقة على برامج ومناهج وإجراءات ومرجعيّات التقييم والاعتماد، ولجان الخبراء التي تتولى دراسة ملفّات التّقييم، ولجنة الاحتكام التي تكلّف بالبتّ في الاعتراضات والشكاوى التي تقدّمها جهات تمّ تقييمها من قبل الوكالة.
وتسند منح لأعضاء الهيئة العلمية وأعضاء لجان الخبراء وأعضاء لجنة الاحتكام وتضبط مقاديرها وطرق وشروط صرفها بمقتضى قرار من الوزير المكلف بالتعليم العالي والبحث العلمي وذلك بعد استشارة مجلس المؤسسة وبعد أخذ رأي الوزير المكلف بالمالية.
ويتعيّن على أعوان الوكالة وأعضاء هياكلها والمشرفين العلميّين وخبراء التقييم التّصريح عند تسلّمهم لوظائفهم أو لمهامهم بالوكالة، بروابط المصالح التي يمكن أن يوجدوا بها طبقا للأحكام التّشريعيّة والتّرتيبيّة الجاري بها العمل وللإجراءات التي تضبطها الوكالة للغرض.
يشار إلى أن مهام الوكالة التونسية للتقييم والإعتماد في التعليم العالي والبحث العلمي المحدثة في جوان 2022 بمقتضى مرسوم رئاسي، تتمثل بالخصوص في تقييم الجامعات ومؤسسات التعليم العالي والبحث العمومية والخاصة والوطنية والدولية وبرامجها باعتماد الأحكام المنصوص عليها بالعنوان الخامس من القانون عدد 19 لسنة 2008 المؤرخ في 25 فيفري 2008 المتعلق بالتعليم العالي